行政协议是行政机关为实现公共利益或者行政管理目标,在法定职责范围内与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，国土行政部门与受让方签订的国有土地使用权出让合同属于行政协议。

　　在行政诉讼法修订之前，国有土地使用权出让合同纠纷长期按民事纠纷处理。现行最高院案由规定中，没有废止建设用地使用权出让合同纠纷这一民事诉讼案由；《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》也并未修改或废止；目前司法实践中仍大量存在通过民事诉讼方式解决的案例。

　　行政诉讼法关于行政协议的规定对于建设用地使用权出让合同纠纷通过民事诉讼解决产生什么影响，行政机关是否可以通过民事诉讼程序起诉相对人等问题在司法实务中存在争议。

　　现就办理国有土地使用权出让合同纠纷案件提出以下几点意见：一是行政协议纠纷不论是相对人提起还是行政机关提起，其纠纷是一个纠纷，不应当分别由行政诉讼和民事诉讼两个途径解决。通过民事诉讼解决该纠纷欠妥，基于建设用地使用权出让合同在性质上属于行政协议，应以该协议的行政性为基础，通过行政和行政诉讼途径解决。二是对于行政机关认为相对人没有履行义务的，可以通过行政强制措施实现，通过行政处罚、行政强制、单方变更、解除等方式达到救济效果。也可以通过非诉行政执行程序予以救济，如果相对人不履约的，行政机关可以通过申请人民法院强制执行的方式获得救济。三是行政协议可以通过催告再到行政决定而转化为行政行为。国土部门在催收未果后作出要求交纳出让金的行政决定，相对人认为行政决定违法可提起行政诉讼，在法定期间未提起的，国土部门申请强制执行。四是对于相对人起诉行政主体的行政协议纠纷案件中，行政主体能否反诉的问题。因行政协议纠纷案件是特殊行政诉讼案件，其起诉主体必须是相对人，故行政主体不能提起反诉。五是基于出让合同的行政性，因该合同产生的纠纷应通过行政方式解决，不应再通过民事诉讼解决，已经受理的行政机关起诉相对人的国有土地使用权出让合同纠纷案件应以不属于人民法院民事诉讼受案范围为由裁定驳回起诉。